El Museu Arqueològic de Borriana va ser reconegut oficialment en 1967. En 2005 es va convocar per primera vegada en la història d'este museu arqueològic, la plaça funcionarial de director de museu i arqueòleg municipal, fet que va suposar l'inici d'una nova etapa en esta institució.

El Museu centralitza l'activitat museística municipal relacionada amb el patrimoni històric, arqueològic i etnològic de la nostra ciutat en col·laboració amb altres entitats que perseguixen fins semblants amb seu a Borriana, com el Museu de la Taronja, el Museu Parroquial i el Centre d'Arqueologia Subaquàtica de la Generalitat Valenciana.

Dins de l'organigrama del Museu es troba el Servici Municipal d'Arqueologia, l'àrea de Restauració Arqueològica i l'àrea de Didàctica.

En els fons i sales del museu hi ha peces de tota la província de Castelló, inclús de la resta d'Espanya. Comprenen des de la prehistòria fins a l'actualitat i s'organitzen en dos sales: la d'Arqueologia i la d'Etnologia.

El primer museu arqueològic de Borriana va ser de caràcter privat i accés molt restringit. Es tractava de la col·lecció de D. Joaquín Peris Fuentes (alcalde de la ciutat i advocat borrianenc, nascut en 1854 i difunt en 1939), el qual posseïa gran quantitat de peces arqueològiques i documentals. No obstant això, lamentablement es van perdre quasi totes i són molt poques les que van arribar a l'actual museu.

Paral·lelament es va crear en 1926 a Borriana un segon museu, este de caràcter públic, fundat per D. Francisco Roca i Alcayde (mestre d'escola, nascut en 1881 i difunt en 1973) i conegut com el museu de les escoles graduades, de caràcter històric i arqueològic. No obstant això, tampoc totes les seues peces van arribar a este museu.

Més tard, després d'una important pausa deguda a la Guerra Civil, es va reiniciar la labor de recol·lecció de peces per mitjà d'excavacions arqueològiques i donacions a càrrec del sacerdot salesià D. Tomás Utrilla, impulsor de la creació d'un nou museu museu arqueològic a Borriana; part de les restes que va recuperar es troben i formen part de l'actual museu.

D. Norberto Mesado (arqueòleg, nascut en 1938) va iniciar el seu treball com a aficionat i ajudant de D. Tomás Utrilla. Gràcies al seu esforç, en 1967 va aconseguir el reconeixement municipal per a la creació d'este museu arqueològic, que va ser posat davall la seua tutela i que en un principi va ocupar la planta superior de l'antic Ajuntament, fins que en 1991 va passar al Centre Municipal de Cultura La Mercé. La labor de Norberto Mesado va enriquir en gran manera els fons del museu, per mitjà d'excavacions, adquisicions o donacions.